Rok 1935 - Krátko po tom, čo Indiana Jones spolu s 11-ročným čínskym chlapcom Shortym Roundom a barovou speváčkou Willie Scott utiekol z nočného klubu Obi-Wan v Shanghaii pred mafiou, vedenou zločincom menom Lao Che, Indy uniká ďalej spolu s Willie a Shortym do Dillí na svoju univerzitu prostredníctvom malého nákladného lietadla, ktoré mu zabezpečil Weber. Lietadlo je však v priebehu letu sabotované a na tajný príkaz zločinca Lao Che dvaja členovia posádky vypúšťajú palivo a následne sa z lietadla katapultujú. Willie vzápätí prebúdza Indyho a spolu zisťujú, že ich lietadlo sa valí do hôr a že ho už nikto neriadi. Indy sa teda pokúša prevziať nad lietadlom kontrolu, ale o chvíľu zisťujú, že palivo bolo vypustené. Shorty zisťuje, že lietadlo je bez padákov, a tak z neho vyskakujú v záchrannom nafukovacom člne. Lietadlo onedlho naráža do skaly. Indy, Willie a Shorty sa zatiaľ valia dolu svahom, až sa po bláznivej jazde dostávajú na útes, z ktorého padajú na divokú rieku. Tá ich napokon dopravuje na pevninu, kde Indy spatrí šamana z miestnej dediny a zisťuje, že sú v Indii.
    Šaman ich vedie až do svojej dediny, ktorá je v kritickom stave. Obyvatelia Indyho, Willie a Shortyho vítajú zúfalým prosením o pomoc. Neskôr, pri rozhovore so šamanom, dostávajú skromné jedlo a rozoberajú udalosti. Indy šamana informuje, že sa musí vrátiť na univerzitu do Dillí. Šaman ho však žiada, aby sa po ceste zastavil v paláci v Pankote. Vraví mu, že zlo, pochádzajúce z tohto paláca, onedlho zachváti celú zem a takisto, že im bol z dediny ukradnutý posvätný kameň, ktorý ju ochraňoval - tajomný Sankarov kameň, Sivalinga. To dedinčanom spôsobilo katastrofu v podobe straty úrody a dobytku. Indy sa tiež dozvedá, že im boli ukradnuté všetky ich deti a následne súhlasí s pomocou dedinčanom. V noci do dediny vstupuje malý chlapec, ktorý utiekol z Pankotského paláca, a Indymu odovzdáva piktogram s legendou o Sankarovi. Hneď ráno sa Indy potom spolu s Willie a Shortym vyberá na cestu. Po dlhej ceste džungľou na slonoch sa utáborujú a počas oddychu Indy Willie vysvetľuje legendu o Sankarovi. Ráno pokračujú vo svojej ceste až napokon v diaľke konečne vidia vrch, na ktorom leží Pankotský palác. Pár krokov pred palácom jeden zo sprievodcov objavuje krvavú sochu. Indy ju zhrozene preskúmava a objavuje hroznú skutočnosť, že jej zakrvavené telo je ovešané ľudskými prstami. Po chvíli sa končene dostávajú do Pankotského paláca a pri vchode ich poctene víta ministerský predseda jeho výsosti maharadžu z Pankotu, Chattar Lal. Neskôr sa v paláci uskutočňuje slávnostná večera, kde Indy, Willie a Shorty spoznávajú maharadžu, ktorý je ešte len 13-ročným chlapcom. Po Indyho rozpornej debate o histórii paláca s Chattarom Lalom a zvláštnej večeri s kurióznymi exotickými jedlami sa Indy spolu so Shortym vyberá na izbu. S Willie prežíva malý románik, ale vzápätí sa ho v jeho apartmáne pokúša uškrtiť jeden z členov neznámeho kultu. Indy ho poráža a v miestnosti Willie podľa prievanu následne objavuje tajnú chodbu. Tá vedie do temného tunelu plného nástrah.
    Po tesnom zdolaní nástrah sa Indy, Willie aj Shorty dostávajú do zvláštnej jaskyne a objavujú hroznú skutočnosť, že po asi sto rokoch sa v podzemnom chráme skazy znova uskutočňujú obrady kultu Thuggee, ktorý tu na čele s temným veľkňazom Molom Ramom obetuje ľudské obete na počesť bohyne zla Kali. Cieľom kultu je v katakombách nájsť posledné dva Sankarove kamene a pomocou vzájomnej neobyčajnej sily všetkých piatich Sankarových kameňov následne zbaviť svet všetkých bohov a vyzdvihnúť svoju bohyňu zla Kali. Teraz je už len na Indym a jeho verných priateľoch, aby neľudské obrady zastavili, získali ukradnutý kameň a oslobodili zotročené deti, ktoré tu nedobrovoľne pracujú ako otroci v baniach pre nekalé ciele tohto zákerného kultu...