Henry Jones mladší, prezývaný tiež "Indiana" po svojom psovi, sa narodil 1. júla 1899 ako syn Henryho a Anny Jonesovcov. Počas svojich skorých rokoch života cestoval spolu s jeho rodičmi a domácou učiteľkou pani Helen Seymourovou po Európe, Ázii a Afrike. Počas týchto ciest sa Indy veľmi veľa naučil o rôznych krajinách a kultúrach, a tak čoraz viac nadobúdal záľubu do dobrodružstiev v cudzine.
    Počas skautskej vychádzky v Utahu roku 1912 sa Indy pokúsil prekaziť plány vykrádačom hrobov, ktorí mali v úmysle ukradnúť staré španielsko-americké relikvie z tejto oblasti vrátane Koronádovho kríža. Počas jeho stretnutia so zlodejmi Indy obdržal i nejaké zo svojich najviac nápadných vlastností: spríbuznenosť s bičom, jazvu na brade, silný strach z hadov a v neposlednom rade aj svoj charakteristický hnedý klobúk.
    V roku 1916 sa Indiana Jones rozhodol nasledovať dobrodružstvá svojho priateľa T. E. Lawrencea a zapísal sa do Belgickej armády, aby pomohol bojovať proti Nemcom. Tu stretol svojho priateľa Remyho Badiona, belgického občana. Indy videl boje vo Francúzsku a v Afrike, potom pracoval pre tajnú službu v celej Európe vrátane Rakúska, Španielska a Turecka. Po 1. svetovej vojne Indiana navštevoval školu na Univerzite v Chicagu, študujúc históriu a archeológiu s profesorom Abnerom Ravenwoodom. I keď bol Indy jeden z najbystrejších študentov profesora Ravenwooda, o dva roky neskôr sa obaja dostali do ostrého konfliktu, keď sa Indiana začal zaujímať o Ravenwoodovu dcéru Marion (ktorá nim bola tiež omámená). Po úspešnom skončení štúdia na Univerzite v Chicagu Indiana Jones študoval na Sorbonne v Paríži. Od vtedy učil na viacerých univerzitách vrátane Univerzity v Londýne, Princetonskej univerzity a jeho starej známej Univerzity v Chicagu. Jones momentálne učí históriu a archeológiu na Marshallovej univerzite, malej škole v Connecticute.
    V priebehu všetkých svojich dobrodružstiev si Indy získal niekoľko celoživotných priateľov. Jeho podporovateľ a dobrý priateľ jeho otca Marcus Brody je správcom archeologického múzea v New York City, ale i častým návštevníkom Indyho vyučovacích hodín na severovýchode Spojených štátov. Sallah, Indyho priateľ z Egypta, veľmi pomohol pri Indyho činoch na Strednom Východe. Kým Abner Ravenwood bol Indyho dobrým priateľom počas jeho rokoch štúdia, obaja sa nikdy nezhodli v ich rozdielnych názoroch okolo Ravenwoodovej dcéry a roky spolu nehovorili, čo nakoniec viedlo k smrti Ravenwooda.